Nje nga sfidat e sistemit shendetësor është përllogaritja e kostove, në bazë të të cilave do të bëhet dhe financimi I spitaleve me reformën e nisur në këtë sektor. Në zbatim të vendimit të Këshillit të Ministrave, ka nisur puna për përllogaritjen e kostove, ku një rol të rëndësishëm do të kenë vetë spitalet, mbështetur nga stafi I ISKSH-së.